微波能量的不均匀分布可能导致食物内部加热不均，形成高温区域，这些高温区域容易产生新的化学物质，甚至可能生成有害的化合物。

长期暴露于微波辐射中，有研究表明可能会对人体造成伤害，比如影响免疫系统、增加癌症风险等。虽然微波炉的辐射强度远低于安全标准，但长期接触还是存在潜在风险。

使用时如果没有正确地遵循操作说明书，尤其是打开和关闭门口时可能会发生超声波泄漏，这种超声波可以穿透金属并与身体部位相互作用，从而引起身体上的疼痛或其他不适。

食品在加热过程中释放出的毒素（如亚硝酸盐）由于加热条件下更易被破坏，但如果处理不当，反而会使这些毒素更加活跃，对人体健康造成危害。

传统的塑料容器在用作储存加热后的食物时，由于材料本身无法承受高温，加热后塑料内壁温度升高至300℃以上，容易释放出有害化学物质，如BPA、Phthalates等，对人体健康构成威胁。