烘焙能力：烤箱通过热风或电热板将食物均匀加热，具有较好的烘焙效果。它可以用于制作各种各样的蛋糕、面包和饼干等甜点以及烤肉、鱼类等主菜。微波炉则主要依靠非离子化能来加热食物内部水分，从而使食物迅速加温，但不适合进行复杂的烹饪操作，尤其是那些需要长时间慢火熬制的菜肴。

加热方式：烤箱采用传统的直接加热方式，将热量直接作用于食物上，而微波炉使用的是间接加热方法，即利用微波产生的高频电磁波深入到食品内部，使其水分蒸发并转化为能量，这种过程更快，更节能。

食品处理：由于不同设备有不同的工作原理，因此它们对待食品处理也会有所区别。例如，在使用微波炉时，通常需要将食品放置在专门设计的容器中，以防止溅出或者影响营养成分；而在用烤箱时，可以根据个人喜好自由摆放，并且可以同时准备多种不同口味和温度要求的菜肴。

营养保留率：研究表明，对于某些类型的蔬菜来说，快速煮熟后再立即冷却可能比慢炖更能够保持维生素和矿物质含量。而对于肉类和蛋白质丰富的一些食品，如鸡胸肉、牛排等，短时间快速煮熟之后外层部分可能不会完全变硬，这样做的话就无法达到同样程度上的加工熟度。此外，由于微波功率强烈，有时候过度暴露在高温下会导致营养损失。

清洁方便性：两者清洁起来也有所不同。在使用完毕后，不少人发现清洗涂油后的锡纸或者剩余粘连的地方相对麻烦。而与此相反，很多现代式厨房都配备了自动除垢功能，便于用户进行日常维护，同时也减少了卫生问题。